深圳 - 市诺米科技SEO网站优化|网络推广外包位于:深圳 --武林。是一家集等方面的服务,上班时间8:00-17:00下班时间。

一、服务主营项目：

二、新动、息、聘、活动、公：

说到代谢通路注释，大家第一个想到的自然是老牌数据库KEGG，关于KEGG的介绍和应用都非常多。而今天要给大家推荐的后起之秀是Reactome通路数据库（www.reactome.org），这个数据库全面收集生物学通路相关的信息，并开发了界面非常友好的在线通路数据库。相信大家能有不一样的体验。

图片

Reactome项目成立于2003年，是一个免费、开源的信号和代谢分子的关系数据库，提供了另外一种版本的经典代谢通路图谱。里面包含了了关于信号传导、转运、DNA复制、代谢和其他转运相关分子网络。目前该库涵盖了16个物种的通路研究，包括七个哺如动物，以及一些常见的模式生物。在通路的内容上则包含了经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控、细胞凋亡与疾病。数据库引用了100多个不同的在线生物信息学姿源库，包括NCBI、Ensembl、UniProt、UCSC基因组浏览器、ChEBI小分子数据库和PubMed文献数据库等。


图片

2021年6月才更新的Reactome数据库



图片

Reactome能注释到的蛋白亚型及通路等信息统计





图片
Reactome的使用方法

图片


Reactome开发了网页版的应用页面，在线操作简单快捷。



图片

直接输入关键词、基因ID、通路ID等就可以寻找感兴趣的通路。进入搜索条目后网页左边有各筛选条件，包括物种（Species）、类型（Types）、区间定位（Compartments）以及反应类型（Reaction types）这四大类及细分的小类，根据目的选择即可。



图片



另外也可以点击Pathway Browser启动，从页面可以看到精美的通路网络，以及对应的基因和介绍。



图片



展示的内容有层级面板（Hierarchy Panel），图像面板（Diagram Panel）和细节面板（Details Panel），可点击各Panel查阅详细信息。



图片





Hierarchy Panel（层级面板）：按照生物功能显示的通路分层结构，可以按照不同的生物功能类型逐层打开所需要的通路。最上层为广泛的生物学概念，被称为“顶层”通路，其下一个层次为子通路，并且往往进一步被划分为亚子通路。导航到层次结构的级别越低，其主题变得越专一，最终集中于特定的通路以及该通路中的各个分子事件。

图片



?

Diagram Panel（图像面板）：不同的生物反应按照生物功能划分组成的多个烟花状网络图，图的每个主节点对应于层级面板的顶层通路，往下则是各个子通路，以及其亚子通路。

图片



?

Details Panel（细节面板）对当前所选通路的描述、参与该通路的所有分子、通路中相关基因的表达等，包含反应和通路的支持心和补充心详细信息。
图片





图片

可以下载多种格式的文件





Reactome在线服务包括前面提到的通路浏览和搜索功能。即在层级面板中根据通路的层级一层一层往下查找，同时对应的图像饰面板会自动切换到查找的节点，使用PathwayOverview进行切换查看。以及通过图像面板中搜索框直接进行搜索定位，找到对应的节点，切换子通路图片。最后通过点击通路内的元素查看细节描述面板的信息。

?

当然，除了网页版的分析，Reactome还有代码供生信分析使用，可谓非常贴心了。



小 结

本文介绍了Reactome的基本信息，以及Reactome在线服务的通路浏览和搜索反应组的功能。相信大家对于Reactome的基本信息和数据结构有了全面的了解。总之，Reactome是一个功能强大、信息完备的数据库，感兴趣的，就亲自体验下吧。

图片

参考文献

Fabregat A, Jupe S, Matthews L, et al. The reactome pathway knowledgebase. Nucleic Acids Res. 2018;46(D1):D649–D655. - PMC - PubMed



深圳市诺米基因科技有限公司主营组学类产品（如代谢组、基因组、蛋白组）、仪器试剂耗材、平台搭建、科研项目研发等服务，并能为客户提供专业化的指导建议。如有需要欢迎联系我们。
。

三、媒道：

,

四、公讯：

深圳 - 市诺米科技 ,深圳 - 市诺米科技

五、工信息：

六、东信息,主要人员,实际控人：

方式

七、地址,在哪里,怎么设置导航位置? ：

八、相关方式：
0755-0755-118114